異なる惑星にある研究施設「LV1201」が消息を絶ち、
研究施設にいる人々の安否を確認するため海兵隊：マリーンが「LV1201」へと派遣された。



マリーンが惑星に到着し研究所へ向かうと、そこは無残にも破壊された研究所だった。
隊員達は、生存者を捜すうちに、この研究施設の目的を知ることとなる。
それはエイリアンを生物兵器として利用しようとした研究であり、
「LV1201」研究員達はこの暴走したエイリアンに殺されてしまったのだった。

マリーンはこの人類の生命を脅かすエイリアン殲滅するため
エイリアンは種の保存・繁栄のため
プレデターは最高の獲物エイリアンを狩るため
それぞれ3種族の目的が入り混じったストーリーとなる。